2001年1月2日，時任金門縣縣長陳水在率領180名金門鄉親，乘坐金門“太武”號、“浯江”號兩艘客輪，從金門直航廈門。這是廈金兩地隔絕半個多世紀后的首次正式直航，拉開了廈金“小三通”的序幕。

　　2002年2月9日—10日，由廈門市臺商協會牽頭組織的289名在閩臺商及眷屬，分兩批通過廈金“小三通”航線返臺過年。這是50多年來臺胞首次大規模經廈金“小三通”返臺過年。

　　2004年12月7日，福建居民經廈金“小三通”赴金門旅游正式啟動，首批3個旅游團組共55人乘坐廈金“小三通”客輪“同安”號前往金門旅游。

　　2006年10月，廈金“小三通”單月旅客人數達6萬多人次，首次超過臺胞當月經港澳中轉往來大陸的人數。

　　2008年6月19日，從臺灣本島經廈金“小三通”到福建旅游的第一個團組80人，從臺北出發，經金門乘船抵達廈門。

　　2010年，廈金“小三通”航線邁入雙向行李托運服務的新階段，往返兩岸的旅客更輕松、便利。

　　2013年，正式啟動在廈暫住居民經廈金航線赴金門旅游天數由1日延長至2日，為游客提供更加多元的選擇。

　　2001

　　2001年1月6日，居住在福建省的91名金門籍同胞，乘坐“鼓浪嶼”號客輪，從廈門直航金門。這是在閩金門籍同胞與金門故鄉、親人隔絕50多年后，首次乘船直達故土探親。

　　2002年2月27日，廈門國貿集團租用的廈門“中洲”號貨輪，運載金門所需的1940噸沙石等建筑材料，從廈門直航金門。這是相隔50多年后廈門首次向金門直運貨物。

　　2002

　　2002年6月7日，廈金“小三通”首次為來福建探親時舊病復發的79歲臺胞饒永江，開辟了“生命救助綠色通道”。

　　2005

　　2005年4月，臺灣電機電子同業工會經貿團近200人，取道廈金“小三通”來廈門參加“臺交會”。這是第一個獲準經金門直航廈門的臺灣大型經貿團組。

　　2008年9月25日，時任中共廈門市委書記何立峰率廈門市委赴臺參訪團一行26人，經金門赴臺參訪。這是大陸第一個經“小三通”航線赴臺開展交流活動的團組。

　　2009

　　2009年5月15日，廈門贈送金門“五緣”號躉船，開創廈金交流先河。

　　2012

　　2012年6月17日，廈金航線夜航航班正式開通，這是兩岸首次開通夜航航班。

　　2015

　　2015年1月1日，金門對大陸居民赴金旅游實施落地簽政策，在金門口岸填寫申請，繳交600臺幣，即可入境停留15天，赴金旅游更加便利。