13日上午，日本政府在首相官邸就朝鮮衛星發射問題召開了安全保障會議。
日本首相野田佳彥在會上向相關閣僚做出了三項指示：第一、要求各相關省廳繼續保持緊張感，努力進行信息收集工作；第二、盡全力為日本國民提供相關信息；第三、加強與相關國家的攜作。野田在安全保障會議上還表示，不得不說朝鮮的衛星發射即便失敗也屬于“重大挑釁行為”，對其違反聯合國安理會相關決議深表遺憾，并將通過外交途徑對此進行嚴重抗議。另據報道，日本眾議院將在13日下午召開的全體會議上，通過一項譴責朝鮮發射衛星的決議。
另外，日本外務省亞大洲局長杉山晉輔13日上午就朝鮮衛星發射問題，與美國朝鮮新政策特別代表戴維斯和韓國外交通商部和平交涉本部長林圣男分別進行了電話會談，相互確認日美韓三國將在此問題上進行信息交換，并采取聯合應對措施。
13日上午，日本財務大臣安住淳在內閣會議后的記者會上就朝鮮衛星發射問題表示，目前金融市場對該問題的反應非常冷靜。在有關對朝鮮的經濟制裁問題上，安住說，這要在經過日本政府安全保障會議討論的基礎上，并根據國際社會的動向，在必要的情況下進行探討。
