臺當局“蒙藏委員會”是“秋海棠版中華民國”思維下的產物，民進黨主席蔡英文當選臺灣地區領導人后，給人的感覺廢除“蒙藏會”似乎勢在必行。然而，去年“5·20”后，兩岸官方的溝通管道不再暢通，也讓蔡英文當局不得不重新思考調整“蒙藏會”將引發的政治效應。

　　據臺灣聯合新聞網3月22日報道，蔡英文當局去年一上臺，為實踐選前承諾，秣馬厲兵進行各項改革。10個月下來，較大改革如“一例一休”、“年金改革”仍在爭議對抗中;較小的改革，比如第一階段“組改”，將“蒙藏委員會”并入陸委會，最近出現卻出現“發夾彎”，“裹足不前”。

　　2016年10月24日，臺當局“人事長”施能杰在“立法院”宣布分階段組改，希望能趕在今年“5·20”前夕，3月底前將共識性較高的組織，如“蒙藏會”、化學局(環境保護署毒物及化學物質局)等，納入第一階段組改。

　　如今因為兩岸關系未明，“蒙藏會”官員正“打包”靜候處理。對此，有官員表示，施能杰認知的“共識性較高”，可能僅單純的就組織變革做難易的衡量，但未能敏感察覺“蒙藏會”存在的象征意義與政治性，否則組改早已完成，何必麻煩施能杰再做宣示？

　　而對于本機構存在引起的爭議，“蒙藏會”官員表示，這些年來外界常聽到裁撤“蒙藏會”，我們是聽得太多了。從稱呼“前蒙藏會委員長”高思博是“末代委員長”，一直到羅瑩雪、蔡玉玲、林美珠，都經過幾任了，誰還在乎誰是“末代委員長”。還記得之前林美珠才接“委員長”，現在又殺出一個許璋瑤。許璋瑤正職是“政務委員”，他身兼“臺灣省主席”、“蒙藏委員長”，在接任委員長時，她曾開玩笑表示：“我現在才真是管很大呢!”