據臺灣“中央社”5月10日報道，臺灣地區領導人辦公室發言人陳以信10日表示，領導人馬英九已命秘書長曾永權10日上午前往拜會臺灣“中央研究院院長”翁啟惠，轉達馬英九為維護“中研院”聲譽，在審酌各界期待后，已經決定同意翁啟惠于3月29日所提的辭呈，曾永權并向翁啟惠轉交了馬英九的信函。

　　翁啟惠3月29日身在美國時曾以書面向臺灣地區領導人馬英九請辭，不過在其返臺后兩次與馬英九會面說明時，卻未提及請辭案，馬英九曾多次提示，希望翁啟惠以社會觀感為念，自動請辭，但翁啟惠則一改日前請辭心意，堅持做到新任“院長”確認交接日;馬英九今天主動批準翁啟惠日前的提出的辭呈。

　　馬英九在信中也說明，將會留任“中研院”三位“副院長”，維持“中研院”運作至下任“院長”產生及就任為止。他并且指定“中研院副院長”王泛森代理“院長”職務，絕不致因翁啟惠辭職造成人事動蕩。另外，馬英九也表示未退回新任“中研院長”的推薦名單，他將和三位候選人面談，在了解三人的理念與愿景后，與即將在5月20日上臺執政的臺灣地區領導人當選人蔡英文商量，共同決定人選，對此，“中研院”方面尚無響應。